「南巡北狩，代天理陰陽」是南鯤鯓代天府五府千歲「代天巡狩」最重要的天職，因此自 1683 年 ( 清康熙 22 年 ) 「神明降壇，示諭出巡」以後，五府千歲便集體或個別出巡台澎各地，主要的時機有 3: 歲時巡狩、不定期巡狩和癸亥巡狩等。 2008 年農曆 3 月 6 日至 10 日 ( 國曆 4 月 11 日至 15 日 ) 的「鯤鯓王出巡澎湖」，即屬於「不定期巡狩」之一種。 在南鯤鯓代天府與「澎湖廟」的互動過程中，要以 1922 年 ( 日大正 11 年 ) 的「鯤鯓王出巡澎湖」，與 1923 年 ( 日大正 12 年 ) 至 1937 年 ( 日昭和 12 年 ) 「澎湖廟」踴躍參與南鯤鯓代天府的重建大業，最為膾炙人口，至今仍為台澎兩地廣大民眾津津樂道。

　前者，在澎湖留下許多南鯤鯓代天府五府千歲的分靈之祀，如 : 馬公市安宅里周王廟 ( 李府王爺 ) 、西嶼鄉橫礁村五天宮 ( 吳府千歲 ) 、西嶼鄉合界村威揚官 ( 池府千歲 ) 、西嶼鄉二崁村二興宮 ( 李府王爺 ) 和望安鄉中社村五府千歲廟 ( 五府千歲 ) 等等 ; 後者，則在南鯤鯓代天府留下許多文物，成為建築歷史的一部分，如媽宮海靈殿、北辰宮、水仙宮、北極殿、湖西隘門三聖殿、西嶼大池角治安宮、小池角關帝廟、二崁二興宮和外垵溫王宮等廟的石柱，西嶼內按內塹宮的姥 帖石金錢壁，以及望安的香爐座等等。

　南鯤鯓代天府與「澎湖廟」如此深厚的宗教情感，深受兩地人神所珍惜，長期以來，「澎湖廟」多會組團跨海前來南鯤鯓代天府進香，而南鯤鯓代天府也自 1984 年起多次專程前往澎湖各地拜訪宮廟，彼此情誼因而加大加廣，對「鯤鯓王」再度跨海出巡澎湖，都有共識與強烈期待。

　南鯤鯓代天府在經過審慎討論與委員會議決議之後，乃於 2006 年初秋備辦香案請示上蒼旨意，該年農曆 8 月 15 日由主任委員陳良太正式於開基五王神前「請筊」，結果連賜「三菱」示諭擇期出巡澎湖。 2007 年元月初 4 日再「請筊」出巡日期為戊子年 (2008) 農曆 3 月初 6 日，並由大王爺李府歲膺任主巡王爺。

　出巡澎湖的信仰大事既定，南鯤鯓代天府管理委員會立即籌組工作小組，定期進行籌備工作，並密集拜訪澎湖縣各機關及宮廟，誠邀澎湖縣政府、台南縣政府、澎湖國家風景管理處、雲嘉南濱海國家風景區管理處、港務局、海巡署等等政府單位共襄盛舉。

　台澎兩地與南鯤鯓代天府有關之宮廟，對「鯤鯓王出巡澎湖」乙事，反映皆頗為熱烈，紛紛報名參加，「澎湖廟」計有 26 廟，並由案山北極殿膺選為行宮，?裡水仙宮、外垵溫王宮等 2 廟膺選為行台 ; 而護駕「鯤鯓王出巡澎湖」的台灣宮廟則達 21 廟，總人數超過 2600 人，至於前後日的送駕與迎駕宮廟，更高達近百廟，可謂盛況空前，蔚為近代台灣宗教信仰之盛事。

　我們都站在歷史的現場，也都正在書寫台灣宗教歷史，「鯤鯓王出巡澎湖」是台灣宗教信仰的百年大事，我們躬逢其盛，與有榮焉 ; 「鯤鯓王」渡海巡狩，為西瀛祈安，為台灣祈安，也為每一個跟隨祂的虔誠書信及其家庭祈安。