南鯤鯓代天府為期香火之永續發展，謹奉　五府千歲示諭興建凌霄寶殿，迄今已歷二十寒暑。凌霄寶殿採用閩南式建築，殿宇居高臨下，主殿奉祀玉皇上帝，偏殿配祀先天上神，其下為朝天闕與祈福殿，祈福殿兩旁配置廡房奉祀六十太歲星君、文昌帝君，供信徒朝拜。全廟區循迴廊以連接代天府，使代天府與凌霄寶殿呵成一氣，成為完整之代天巡狩廟宇。

凌霄寶殿的設計別出心裁，廟貌為中國南方廟宇建築，並沿續原五府千歲殿之古蹟建築之傳統風格。廟頂為交趾陶裝飾、花、鳥、人物、蟲、獸、鄉村生活情境等之構造配置，殿內石雕龍柱，先以鑄膏模打樣，再融合古樸純真雕刻，蟠龍展現之姿，栩栩如生，頗富創意。

主殿四週壁堵，彙集中國天然彩玉鑲嵌，其精典之作有：百神朝天圖、金木水火土、五方大帝、三官大帝、青龍星宿、朱雀星宿、北斗七星、玄武真君、紫微大帝、白虎星宿、玄武星宿，鑲嵌的藝術，具有高水準之表現，誠是曠世之寶。

第一重簷、第二重簷，其網目、斗拱、雀替、插角、花籃、簷板及朝天闕、祈福殿之藻井暨飛天等及龍形構圖頗費心思。全部工程均是彙集高難度銅雕，採用精密脫臘鑄造流程施作，其施工之細膩及困難度，深具藝術之價值，其保存年限，可達五百年以上，更顯得彌足珍貴。亦是全國獨一無二之創舉，令人嘆為觀止。

石雕方面，聘請名畫家以近代南臺灣鄉土生態情境、臺灣歷史人物生活文明、南鯤鯓廟慶典、廟會、出巡等為主題題材，以留存文獻，且俾導覽解說之活教育宣導，悉由名雕刻家一筆一畫，以慢工出細活之步驟，精雕細琢，其神韻藝術堪稱一絕。尤是雕龍造形，乃是集中國歷朝歷代之龍圖，其精巧構思，極是智慧作品，頗具古代藝術建築之精華。

彩繪均以南鯤鯓周邊鄉土生活動態意境，南鯤鯓代天府慶典、廟會、出巡以及華人為國際之光如籃壇林書豪、棒壇王建民、高爾夫球曾雅妮、菜販之光陳樹菊、素人畫家洪通等作為大綱題材，獨創一格，並集名繪師彩畫，以增藻藝術文化氣氛。

楹聯經廣徵全國翰苑名流國學碩彥精心創作，字字珠璣，鏗鏘有力，配合名書法家揮毫書寫，其氣韻生動，蒼勁絕倫之筆墨，鐫刻於主殿、配殿、太歲殿、文昌殿各三川門、石柱等相互輝映，頗具文化藝術氣息。

玉皇上帝旨牌，莊嚴壯觀，以萬兩黃金打造，精心設計，金碧輝煌，富麗堂皇，誠是全臺一大創舉，頗具特色，是億載之皇宇。

凌霄寶殿興建，全部工程於民國一0一年完成，它是創世紀之舉，更是集建築、藝術、裝飾、結構、書法、圖畫、雕刻、彩繪之殿堂。