在整個南鯤鯓代天府的發展史上，依建廟過程劃分，可以分為三期：

第一期：南鯤鯓草創期，自1662年起至1817年。

第二期：槺榔山開創期，自1817年起至1923年。

第三期：槺榔山擴建期，自1923年起迄今。