「南巡北狩，代天理陰陽」是五府千歲最重要的天職。因此自康熙二十二年（西元1683年）「神明降壇，示諭出巡」以後，每逢一甲子即舉行。本府開府後，三百餘年間計有六次，大致情形如下：
1.     康熙二十二年（西元1683年），三王吳府千歲主巡。
2.     乾隆八年（西元1743年），巡島一週。
3.     嘉慶八年（西元1803年），巡島一週。
4.     同治二年（西元1863年），巡島一週。
5.     民國十二年（西元1923年），巡島一週。
6.     民國七十二年（西元1983年）二王池府王爺主巡高雄市。
7.     「鯤鯓王」出巡時機分： 癸亥巡狩、歲時巡狩、臨時巡狩
2008 戊子年「鯤鯓王」出巡澎湖乃臨時巡狩。 自農曆 3 月初 6 日至 10 日熱鬧登場， 由大王爺李府千歲持節為 「 西巡主帥 」 ， 從台南安平港以海路 出發 ， 3000 人龐大香陣， 200 多艘漁船海上接駕，近百香團參與， 出巡澎湖本島大街小巷，盛況空前， 蔚為近代台灣宗教跨海出巡之百年盛舉 。