神廟建築期間，泉州名雕刻師「媽福師」受五王託夢，隻身來台雕刻神像，原王船內的神木劃有六段，媽福師依指示取前五段雕刻成五王金身，第六段雕刻成中軍府，也就是現在所說的「開基正身」神像。

神像完成後，五王選擇吉時於四月二十六日午時開光點眼，由高功法師主持，點睛後神像鏗然有聲，振動不已，其中三王振動最為激烈，足足有半個時辰之久。

在大家的通力合作之下，終於在康熙元年（西元1662年）完工，稱為「南鯤鯓廟」，因為是開台首廟，所以也叫做「開山廟」，而五府千歲也因此被尊為「南鯤鯓王」。