戰火停息，建廟工程於嘉慶二十二（西元1817年）丁丑二月晦日正式動工。但是工程浩大，建材物資相當缺乏，幸好有麻豆民婦郭鳳，受五王托夢，乘坐烏轎前來，捐獻白銀一千兩，使得工程能夠順利進行。

道光二（1822）年六月六日完工，取名為「南鯤鯓代天府」，整個建廟工程先後歷時五年又四個多月。斯時規模，以五王神殿為主體，呈三川門建築，迨至同治三年（西元1864年）失修，乃由蚵寮庄信徒吳港、洪虎攀、涂嵌三人倡議重修，醵資一萬元竣事。後來又在同治十一年（西元1872年），增建後殿「青山寺」，崇祀觀音佛祖，以紀念當年調停的功勞。