拜殿藻井上的屋頂，形狀像轎頂，作八角狀，俗稱「轎式屋頂」，或是「八角屋頂」。它是藻井的護傘，就好像以前皇帝坐車上的華蓋，造形特殊，突顯於天空，根據老一輩的說法：這種特殊建構是日據時期，泉州匠師來台北建造龍山寺時引進的。南鯤鯓廟的「轎式屋頂」現在已成為該廟特有的建築景觀。